W wizytacji biskupiej dokonanej w 1606 roku wiadomo, że dawny kościół parafialny był pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny i św. Krzyża. W ciągu wieków pierwsze wezwanie zanikło i zostało zastąpione osobą św. Szczepana. Świątynia była najprawdopodobniej zbudowana w stylu gotyckim. Posiadał znaczne rozmiary, było w niej bowiem sześć ołtarzy, a na belce oddzielającej prezbiterium od nawy głównej był umieszczony krzyż. Wszystkie ołtarze były wykonane z drewna. W ołtarzu głównym znajdował się obraz św. Szczepana. Pozostałe ołtarze były poświęcone: Matce Bożej Częstochowskiej, św. Antoniemu, św. Michałowi Archaniołowi, Siedmiu Boleściom Matki Bożej i św. Barbarze. Jeszcze jeden uprzywilejowany ołtarz znajdował się w kaplicy murowanej matki Bożej Szkaplerznej. W kościele stały dwa konfesjonały, ambona i chrzcielnica. Przy kościele znajdowała się murowana dzwonnica, wyższa od kościoła, a w niej były dwa duże dzwony i sygnaturka. Na chórze były sześciogłosowe organy. W kościele znajdowały się także cenne przedmioty liturgiczne trzy srebrne, pozłacane kielichy, monstrancja srebrna bardzo misternej roboty oraz bogato zdobione szaty liturgiczne.
W czasie "potopu" szwedzkiego w 1656 roku kościół został poważnie zniszczony przez pożar, zginęło wówczas wiele cennych dokumentów, m.in. przywilej nadany miastu w 1519 roku przez króla Zygmunta I. Według przekazów ustnych zginęło wtedy wielu mężczyzn ukrywających się w kościele. Po tym nieszczęściu kościół został odbudowany i przywrócony do świetności. Niestety podczas pożaru miasta 15.IV.1767 spłonął ponownie i stał po tym pożarze pusty do 1805 roku. Jego odbudowa przekraczał w tym czasie możliwości wiernych, stąd mury kościoła ówczesne władze pruskie oddały na licytację, a potem prawdopodobnie z cegieł tego kościoła wybudowano pałac w Leniach Wielkich, dziś niezamieszkały i chylący się ku upadkowi. Z tego kościoła pozostał do tej pory tylko fragment muru, który obok jest umieszczony. Wokół kościoła znajdował się cmentarz grzebalny. Miejscem pochówku była także Góra Zamkowa. Na jej terenie, podczas wykopów i ustawiania krzyża w 1989 r. natrafiono na szczątki ludzkie.
źródło: tablica informacyjna. Parafia oraz Miasto i Gmina Dobrzyń nad Wisłą.Rzut z góry na kościół.

Pozostałości po kościele i tablice pamiątkowe.



O nieistniejących kościołach można jeszcze wspomnieć, iż w XI wieku, dla pierwszych mieszkańców, pobudowano mały, drewniany kościółek. Znajdował się on prawdopodobnie w okolicach zamku.
Pod koniec XVIII wieku spłonął w Dobrzyniu nad Wisłą inny drewniany kościół - p.w. św. Stanisława. Po pożarze kościoła farnego, wszystkie nabożeństwa, od 1767 roku do I rozbioru Polski, odbywały się w tym właśnie drewnianym kościółku.